В НИУ ВШЭ разобрались в плюсах и минусах open-source GPU-технологий для суперкомпьютеров
Исследователи Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, ОИВТ РАН и МФТИ сравнили работу популярных программ молекулярного моделирования на GPU-ускорителях AMD и Nvidia. Ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. В этой развивающейся технологии увидели большие перспективы, поскольку она позволяет эффективно использовать единый код и на ускорителях Nvidia, и на новых GPU компании AMD.
В опубликованной работе в журнале International Journal of High Performance Computing Applications ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. Исследователи провели детальный анализ производительности трех программ для молекулярного моделирования LAMMPS, Gromacs и OpenMM на GPU-ускорителях Nvidia и AMD с сопоставимыми пиковыми характеристиками.
Для тестов ученые использовали модели белка ApoA1 — Аполипопротеин A1 — аполипопротеин плазмы крови, основной белок носителя «хорошего холестерина». Выяснилось, что на производительность научных расчетов влияют не только характеристики аппаратного обеспечения, но и программное окружение. Оказалось, что недостаточно эффективная работа драйверов AMD в сложных сценариях параллельного запуска вычислительных ядер может вносить значительные задержки. Open-source решения имеют пока свои минусы.
В опубликованной работе ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. В этой развивающейся технологии увидели большие перспективы, поскольку она позволяет эффективно использовать единый код и на ускорителях Nvidia, и на новых GPU компании AMD. Разработанная модификация LAMMPS опубликована под открытой лицензией и доступна в официальном репозитории – пользователи по всему миру могут использовать эту разработку для ускорения своих расчетов.
«Мы провели детальный анализ и сравнение подсистем памяти GPU-ускорителей архитектур Nvidia Volta и AMD Vega20. Я обнаружил разницу в логике параллельного запуска GPU ядер и продемонстрировал ее с помощью визуализации профилей программы. И пропускная способность, и задержки иерархии внутренней памяти GPU-ускорителя, и эффективное параллельное выполнение GPU-ядер — все это оказывает очень большое влияние на реальную производительность GPU-программ», — говорит один из авторов статьи, аспирант НИУ ВШЭ Всеволод Никольский. По мнению авторов статьи, участие в этой технологической гонке титанов современной микроэлектроники демонстрирует очевидную тенденцию к увеличению разнообразия технологий GPU-ускорителей.
«С одной стороны, это позитивный для конечных пользователей факт, стимулирующий конкуренцию, повышение эффективности и снижение стоимости суперкомпьютеров. С другой стороны, сложность разработки эффективных программ для гибридных вычислительных систем еще больше усилится в результате необходимости учитывать наличие нескольких различных типов GPU-архитектур и технологий программирования, — комментирует профессор ВШЭ Владимир Стегайлов.
— Даже поддержка переносимости программ для обычных процессоров на различных архитектурах (x86, Arm, POWER) часто оказывается нетривиальной. Переносимость программ между различными GPU-платформами – вопрос намного более сложный. Open-source парадигма устраняет многие барьеры и помогает разработчикам больших и сложных суперкомпьютерных программ».
В 2020 году усилился дефицит на рынке графических ускорителей. Хорошо известны популярные области их использования: майнинг криптовалют и задачи машинного обучения. Однако GPU-ускорители нужны и в науке для математического моделирования новых материалов и биологических молекул. «Создание мощных суперкомпьютеров и разработка быстрых и эффективных программ — это подготовка инструментов для решения сложнейших общемировых вызовов, таких как пандемия COVID-19. Вычислительные инструменты для молекулярного моделирования используются сегодня во всем мире для поиска путей борьбы с этим вирусом», — говорит один из авторов статьи, научный сотрудник НИУ ВШЭ Николай Кондратюк.
Важнейшие программы для математического моделирования разрабатываются международными коллективами и учеными из десятков организаций. Разработка ведется с открытым исходным кодом и под свободными лицензиями. Конкуренция двух титанов современной микроэлектроники Nvidia и AMD привела к появлению новой open-source инфраструктуры AMD ROCm для программирования GPU-ускорителей.
Открытость платформы позволяет надеяться на максимальную переносимость кодов, разработанных с ее использованием, на суперкомпьютеры самых разных типов. Подобная стратегия AMD отличается от похода компании Nvidia, чья технология CUDA является закрытым стандартом.
Отклик научного сообщества не заставил себя ждать. Близятся к завершению проекты создания новых крупнейших суперкомпьютеров, использующих GPU-ускорители AMD. Полным ходом идет строительство суперкомпьютера Lumi в Финляндии с производительностью 0.5 экзафлопс (что эквивалентно, например, суммарной производительности полутора миллионов ноутбуков). В этом же году в США появится в полтора раза более мощный суперкомпьютер Frontier (1,5 экзафлопс), а в 2023 году — еще более мощный El Capitan (2 экзафлопс).
Telegram 
Дзен 
VK Вселенная может оказаться «замкнутой» глобальной структурой, где свет от далеких галактик способен возвращаться к наблюдателю с разных направлений. Именно такой сценарий не удалось исключить авторам нового масштабного обзора. Проверить его предсказания астрономы смогут уже в ближайшие годы.
Ученые впервые на молекулярном уровне доказали, что обычная вода одновременно состоит из двух разных жидких состояний — более плотного и менее плотного, которые непрерывно сменяют друг друга. Раз молекулярная «двойственность» действительно существует, это подтверждает спорную 30-летнюю гипотезу. Новое открытие поможет, наконец, объяснить десятки «странных» физических аномалий воды, включая ее расширение при замерзании и парадоксальное изменение вязкости под давлением.
Проблема непереносимости глютена затрагивает до 150 миллионов человек во всем мире. Единственный выход — полностью исключить этот компонент из рациона. Однако существующий безглютеновый хлеб практически не содержит белка и клетчатки, быстро повышает уровень сахара и черствеет. При этом существующие зарубежные рецептуры разработаны под импортное сырье и технологии, что не позволяет применять их к российскому сырью. Ученые Пермского Политеха разработали новые рецептуры безглютенового хлеба и исследовали влияние многокомпонентных мучных композиций и добавок на его качество. Они впервые в России создали смеси, в которых по сравнению с существующими отечественными аналогами в два-три раза больше белка и жиров, а углеводов — на 30-50 процентов меньше.
Паразитические организмы иногда не учитывают, что сами могут оказаться целью паразита более высокого уровня. Сосредотачивая все свои силы на инфицировании и размножении, они остаются беззащитными перед агрессивным специализированным нахлебником.
Вселенная может оказаться «замкнутой» глобальной структурой, где свет от далеких галактик способен возвращаться к наблюдателю с разных направлений. Именно такой сценарий не удалось исключить авторам нового масштабного обзора. Проверить его предсказания астрономы смогут уже в ближайшие годы.
Ученые впервые на молекулярном уровне доказали, что обычная вода одновременно состоит из двух разных жидких состояний — более плотного и менее плотного, которые непрерывно сменяют друг друга. Раз молекулярная «двойственность» действительно существует, это подтверждает спорную 30-летнюю гипотезу. Новое открытие поможет, наконец, объяснить десятки «странных» физических аномалий воды, включая ее расширение при замерзании и парадоксальное изменение вязкости под давлением.
Хотя длительность помех не превышала десяти секунд, это первый известный случай такого рода. Обычно спутникам не хватает мощности для создания радиосигналов той силы, что нужна для подобных помех.
Вначале Reuters опубликовал статью о взаимоотношениях SpaceX и Пентагона, которую миллиардер --- традиционно для его отношений с этим изданием — назвал фейком. Опровергая ее тезисы, он обнародовал информацию, не представленную ранее публично.
Исследователи опросили более 60 тысяч испытуемых из разных стран и выяснили: чем больше человек зациклен на себе, тем холоднее он к своему партнеру. Правда, снижение накала страстей не всегда плохо, у этого есть и положительные стороны.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно