Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Создана самая стабильная 3D-модель трансмембранного домена S-белка коронавируса
Команда российских ученых с участием исследователей из МИЭМ НИУ ВШЭ представила 3D-модель трансмембранного (ТМ) домена S-белка вируса SARS-CoV-2. Ранее считалось, что ТМ-домен нужен только для закрепления S-белка вируса в его мембране, а все перестроения и слияние с клеткой-мишенью обеспечивают другие участки. Недавние исследования показывают, что ТМ-домен влияет на процесс передачи генетической информации, но точного понимания его роли еще нет. Ученые считают, что созданная модель поможет детальнее понять механизм работы вируса и применять эти знания для разработки нового типа лекарств.
Исследование опубликовано в журнале International Journal of Molecular Sciences. Ученые называют вирусы неклеточной формой жизни или даже организмами на границе живого. Все потому, что у вирусов нет собственного обмена веществ и для существования им нужны клетки другого организма. Эта особенность отражается на строении: оболочка вирусов усеяна специальными белками, которые помогают распознать рецепторы клеток-мишеней и прикрепиться к ним. У коронавируса эту функцию в основном выполняют S-белки (spike), или «белки-шипы», которые на микрофотографиях и создают вокруг вирусов узнаваемую «солнечную корону».
S-белок (белок слияния, спайк-белок) коронавируса взаимодействует с ангиотензин-превращающим ферментом (АПФ) клетки-мишени, который регулирует у человека артериальное давление и водно-электролитный баланс. Так вирус обманывает защиту организма и связывается с клетками. Для создания вакцин и лекарств важно понимать механизм действия вируса, поэтому внемембранные участки S-белка, участвующие в распознавании и захвате клеток, хорошо изучены. Но за кадром оставался трансмембранный домен S-белка — участок молекулярной структуры, расположенный внутри мембраны оболочки вируса. Команда российских ученых с участием биофизиков НИУ ВШЭ проанализировала особенности этого участка и представила 3D-модель трансмембранного домена S-белка.
Спайк-белок состоит из трех одинаковых полипептидных цепей, которые особым образом скомпонованы и соединены друг с другом. Когда вирус попадает в организм, внешний участок S-белка связывается с рецептором на поверхности клетки. Белки нашего организма — протеазы — разрезают белок и обнажают ранее скрытые участки. Структура S-белка меняется, он встраивается в мембрану клетки и, подобно тросам, подтягивает ее к себе. Благодаря этому мембраны сливаются, образуется канал, по которому вирусная РНК (генетический материал) проникает в клетку хозяина.
Внимание к тому, как в этих процессах участвует трансмембранный домен — небольшой участок спайк-белка, форма которого внешне напоминает пружинку, — ученые стали проявлять в период пандемии. Ранее считалось, что домен нужен только для закрепления S-белка в мембране вируса, и его подробно не изучали. Сейчас ученые предполагают, что особенности структуры ТМ-домена критическим образом влияют на механизм работы спайк-белка и нужно учитывать их в моделях. Однако, как отмечают авторы статьи, создать такую модель сложно.
«Экспериментальными методами тяжело воссоздать структуру белка, если в нем есть участки, связанные с мембраной. Как только вы извлекаете трансмембранный домен из его природного мембранного окружения, он теряет пространственную структуру, и уже нельзя понять, как именно молекула организована в своем функционально активном состоянии», — поясняет профессор департамента прикладной математики МИЭМ НИУ ВШЭ Роман Ефремов.
Чтобы решить этот вопрос, ученые использовали компьютерное моделирование. Алгоритм помогал подобрать из базы данных такие структуры тримеров альфа-спиралей белка, свойства мономеров которых были бы наиболее подходящими для оптимальной упаковки ТМ-домена. Сравнивали физико-химические свойства ТМ-пептидов, а также сходство между распределениями гидрофильных и гидрофобных свойств на поверхности белковых спиралей ТМ-домена. Затем модели скорректировали с учетом результатов разработанной авторами программы для предсказания димерной структуры ТМ-спиралей. Стабильность построенных моделей ТМ-домена S-белка подтвердили в расчетах его молекулярной динамики в явно заданном липидном бислое, имитирующем мембрану вируса.
«На сегодняшний день это единственная плотно упакованная, стабильная модель ТМ-домена S-белка. С помощью коллег из лабораторий Института биоорганической химии РАН мы будем рассматривать структурно-динамическое поведение ТМ-доменов уже в ходе экспериментов, — объясняет Роман Ефремов. — Это важно для понимания роли ТМ- и примембранных участков в процессе слияния и передачи генетической информации. Если мы это выясним с помощью моделей, то сможем эффективно разрабатывать средства борьбы с вирусами. Например, создавать молекулы, которые будут снижать скорость работы вируса, меняя характеристики взаимодействия с мембраной определенных областей спайк-белка. В результате он не будет так быстро распространяться и станет гораздо менее опасным».
Telegram 
Дзен 
VK Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.
Долгое время ученые полагали, что сотни гигантских статуй на острове Пасхи создали представители местной общины под руководством одного вождя. Однако авторы нового исследования поставили эту гипотезу под сомнение. Детальная трехмерная карта главного каменного карьера острова указала на более сложную картину. Вероятно, монументы были плодом творчества и соперничества небольших независимых групп.
Что стало настоящим фундаментом власти — умение обрабатывать землю или контроль над некоторыми культурными растениями? Авторы нового исследования пришли к выводу, что появление первых крупных сообществ и государств зависело не от земледелия в целом, а от выращивания определенных злаков. Эти культуры было легко хранить и, еще важнее, невероятно просто облагать налогом, что и дало толчок появлению цивилизации.
Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.
Долгое время ученые полагали, что сотни гигантских статуй на острове Пасхи создали представители местной общины под руководством одного вождя. Однако авторы нового исследования поставили эту гипотезу под сомнение. Детальная трехмерная карта главного каменного карьера острова указала на более сложную картину. Вероятно, монументы были плодом творчества и соперничества небольших независимых групп.
Коллектив российских ученых из МИРЭА — Российского технологического университета, Центра фотоники двумерных материалов МФТИ, Института металлургии и материаловедения им. А. А. Байкова РАН и ряда других ведущих научных центров провел глубокое исследование кристаллической структуры широко используемых пьезоэлектрических материалов на основе цирконата-титаната свинца. Используя метод рентгеноструктурного анализа, исследователи впервые смогли в деталях установить, как небольшие химические добавки кардинально меняют фазовый состав керамики и напрямую определяют ее электрофизические характеристики. Это открывает путь к целенаправленному дизайну «умных» материалов с заранее заданными свойствами для передовой электроники и сенсорики.
Человеческие языки разнообразны, но это разнообразие ограничивается повторяющимися закономерностями. Пытаясь описать правила, которым подчиняются различия в грамматике, лингвисты сформулировали ряд так называемых грамматических универсалий — утверждений, предположительно верных для всех или большинства языков мира. Международная команда ученых провела статистический анализ на материале 2430 языков и обнаружила, что соответствующими действительности можно считать около трети таких утверждений.
По расчетам, большинство «гостей» из других звездных систем летят к Земле примерно со стороны созвездия Геркулес. Скорее всего, они время от времени падают на нашу планету, просто мы еще не научились это замечать. Как удалось вычислить, чаще всего они должны падать зимой и где-то в окрестностях экватора.
Ученые открыли новый, ранее неизвестный способ передвижения бактерий по поверхностям, для которого не нужны жгутики. Эти микроорганизмы на краю колонии переваривают сахара, выделяют метаболиты и создают осмотическое давление. Оно вызывает микроскопическое «цунами», и на нем бактерии катятся вперед.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно