Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Создана база данных измененных коронавирусом РНК носоглотки пациентов
Биоинформатики Московского физико-технического института и Университета Салерно в Италии собрали полный набор данных экспрессии РНК в клетках носоглотки пациентов, переболевших Covid-19.
Результаты исследования ученых опубликованы в журнале Scientific Data. «Мы пытались выяснить, как инфекция отражалась на экспрессии генов человеческих тканей носоглотки и как отличаются между собой различные волны инфекции. Всего отличительных черт было найдено много, сотни и тысячи, и мы каталогизировали их в базе данных, которую опубликовали в этой статье. Это первичные экспериментальные данные, которые каждый ученый может использовать для будущих исследований вируса», — рассказал Антон Буздин, заведующий лабораторией трансляционной геномной биоинформатики МФТИ.
При заражении вирусом у разных групп пациентов наблюдались различные симптомы и осложнения — такой широкий диапазон восприимчивости к заболеванию и исходов может быть объяснен изменением экспрессии генов, процесса, в ходе которого наследственная информация от гена преобразуется в РНК или белок.
Патоген проникает в клетки человека через ангиотензинпревращающий фермент-2 (ACE2), расположенный на поверхности различных типов клеток. Попав внутрь, вирус подавляет экспрессию генов клетки-хозяина. При обнаружении вируса клетки человека активируют внутренние механизмы противодействия инфекции, что ведет к значительному изменению их собственного транскриптома (то есть к изменению содержания молекул РНК, образующихся в результате работы генов).
Понимание того, как меняется экспрессия генов после заражения возбудителем Covid-19, конвертируется в наше знание о том, как организм реагирует на патоген на клеточном уровне. «Мы ставили своей целью разработать лучшую в мире платформу анализа данных генной экспрессии Oncobox (“Онкобокс”) — чтобы табличные данные преобразовывались в количественное и качественное понимание происходящих процессов и того, как они меняются в норме и патологии. Мы предоставили нашу платформу итальянским коллегам.
Она может быть использована для самых разных областей. В этой работе платформу “Онкобокс” использовали для анализа экспрессии РНК у итальянских пациентов, переболевших коронавирусной инфекцией. Для нас это исследование — не только признак международного признания нашей платформы, но в первую очередь возможность расширить рамки ее применения на область изучения инфекционных патогенов человека», — отметил Антон Буздин.
Собранный набор данных позволит научному сообществу изучить влияние вирусной инфекции на транскриптом клеток слизистой оболочки человека. С этой целью РНК, выделенная из мазков носоглотки пациентов с Covid-19, была подвергнута тотальному секвенированию и последующему биоинформатическому анализу.
По словам Антона Буздина, «Онкобокс» позволяет быстро анализировать активность более 50 тысяч молекулярных путей. «Мы можем понять, какие из 50 тысяч внутриклеточных процессов и на каком уровне активны в образце. Аналоги платформы не могут анализировать такое большое количество молекулярных путей или не дают количественных характеристик. Например, говорят только о том, что некий процесс изменен, а мы говорим, насколько он усилен или наоборот подавлен. Таким образом можно охарактеризовать полный спектр происходящего в клетке на уровне молекулярных процессов», — добавил Антон Буздин.
Анализ выявил сильное влияние инфекции Covid-19 на модуляцию транскриптов-мишеней в клетках и показал их участие в биологических механизмах, связанных с клеточным иммунным ответом и путем патогенеза коронавируса.
Собранный набор данных дает возможность исследовать потенциальные различия в профилях транскриптома между разными вирусными штаммами. Это может помочь в понимании патогенеза заболевания и потенциальных различий в путях передачи среди различных вариантов SARS-CoV-2.
«Анализируя этот набор данных и объединяя его с другими, можно будет найти ключевые гены, участвующие в путях проникновения вируса. Это способно помочь в разработке новых методов лечения и будущих диагностических инструментов. Мы также можем различать реакцию на варианты вируса, характерные для разных волн пандемии, что может способствовать пониманию механизма адаптации человеческой популяции к масштабной новой инфекции», — резюмировал Антон Буздин.
Telegram 
Дзен 
VK Изучив поведение 69 видов птиц в разных областях Западных Гат (Индия), международная исследовательская группа наконец объяснила, почему территориальные и всеядные птицы чаще других поют по утрам.
Наблюдая ранние этапы рождения землеподобных миров, астрономы приблизились к решению «метрового барьера» — проблемы роста пылевых зерен до размеров, необходимых для формирования планет.
Среди ныне живущих морских обитателей осталось всего несколько так называемых «живых» ископаемых вроде латимерии или мечехвоста. Остальных мы знаем по уцелевшим остаткам. Новый вид древней рыбы обнаружили палеонтологи в девонском песчанике Канадской Арктики. Судя по найденным зубам и челюстям, рыба была в разы меньше своих родственников, а значит, могла жить в реках, что необычно для этих существ.
Онлайн-шопинг, доставка еды, мобильный банкинг и стриминг кино — часть повседневности. Мы почти не задумываемся, что делает все это возможным. Ответ — облачные технологии. За каждой покупкой, переводом или просмотром фильма работает невидимая инфраструктура, без которой современные цифровые сервисы попросту остановились бы. Рассказываем, как облака изменили нашу цифровую жизнь и стали незаметным мотором современной экономики.
Изучив поведение 69 видов птиц в разных областях Западных Гат (Индия), международная исследовательская группа наконец объяснила, почему территориальные и всеядные птицы чаще других поют по утрам.
Наблюдая ранние этапы рождения землеподобных миров, астрономы приблизились к решению «метрового барьера» — проблемы роста пылевых зерен до размеров, необходимых для формирования планет.
Вид антилоп, с ледникового периода привыкший к массовым миграциям, пытается вернуться в свой исторический ареал, когда-то достигавший Днепра. Однако их нетипичные для травоядных привычки вызывают сильнейшее отторжение у сельских жителей, предлагающих массово уничтожать их с воздуха. С экологической точки зрения возвращение этих животных весьма желательно, но как примирить их с фермерами — неясно.
Недавно вышел второй сезон сериала «Одни из нас» (TheLastofUs), созданного по сюжету популярнейшей видеоигры. Ученые Пермского Политеха решили разобраться, насколько реален сценарий грибной пандемии, превращающей людей зомби? Чем живет кордицепс и как он «ищет» своих жертв, действительно ли паразит способен эволюционировать настолько, чтобы поражать человеческий организм и подчинять себе его волю, был бы у людей шанс выжить, какие грибы уже поселились в наших телах и выручит ли нас иммунитет, сформированный тысячелетиями.
Казахстанский Алматы — город контрастов, где горы соседствуют с урбанистическими пейзажами, а бизнес-центры — с историческими кварталами. Неизменным остается одно — пробки. Ежедневно сюда приезжает более 700 тысяч автомобилей из пригородов, при этом в самом мегаполисе зарегистрировано порядка 600 тысяч транспортных средств. В результате по улицам ежедневно движется более миллиона транспортных средств.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно