Биологи описали последнего общего предка всех бактерий
Изучая геномы анаэробных бактерий, немецкие биологи смогли составить представление о метаболизме и физиологии последнего общего предка бактерий.
В середине 2010-х команда профессора Уильяма Мартина, главы Института молекулярной эволюции при Университете Генриха Гейне (Дюссельдорф, Германия), определила набор из 355 генов и описала физиологию и среду обитания последнего универсального общего предка (LUCA) — последней популяции организмов, от которой произошло все живое не Земле. По разным оценкам, предок жил примерно 3,48-4,5 миллиарда лет назад и не оставил нам никаких ископаемых остатков.
Теперь та же научная группа решила изучить последнего общего предка бактерий (last bacterial common ancestor, LCBA). Работа опубликована в журнале Communications Biology.
Среди всех микроорганизмов на Земле бактерии не только наиболее многочисленны, но и составляют самую разнообразную область с точки зрения физиологии и метаболизма. Изотопные сигнатуры прослеживают их автотрофию на 3,9 миллиарда лет назад. Основываясь на универсальности генетического кода, хиральности аминокислот, ученые считают, что последний универсальный общий предок предшествовал расхождению бактерий и архей. Поскольку бактериальный и архейный домены монофилетические — происходят от одного прародительского вида, — есть доказательства наличия одного явного предка для каждого домена. Их и назвали последним общим предком бактерий и последним общим предков архей.
Чтобы определить генетический код LBCA, его свойства и историю, биологи анализировали геномы анаэробных бактерий, способных жить и развиваться в отсутствие свободного кислорода. «Отказ от аэробов (нуждаются в свободном молекулярном кислороде для процессов синтеза энергии, в отличие от анаэробов; к ним относят подавляющее большинство животных, все растения и значительную часть микроорганизмов. — Прим. ред.) имел для нас смысл, — объяснила доктор Джоана Ксавье, ведущий автор исследования. — Если бактерии возникли в то время, когда Земля была бескислородной, то и нет смысла исследовать их происхождение, учитывая виды, полные адаптаций, вызванных кислородом».
Известно, что высшие формы жизни — существа, достигшие высшей ступени эволюции — наследуют генетический код от родителей к потомкам при помощи вертикального переноса генов, то есть по итогу геном будет предоставлять информацию о филогенетической истории. Однако бактериям свойственен другой процесс передачи генетического материала — латеральный (или горизонтальный) перенос организму-непотомку. Благодаря этому бактерии способны обмениваться генетической информацией между разными штаммами, но здесь кроется и серьезная проблема для ученых: при помощи традиционных филогенетических методов невозможно установить корень в древе эволюции бактерий.
Чтобы обойти это препятствие, авторы новой работы использовали биохимические сети вместе с тысячами отдельных филогенетических деревьев: они изучили 1089 эталонных геномов анаэробных бактерий, содержащих 2 465 582 белковых последовательностей. Затем их сгруппировали в 114 326 семейств: как оказалось, 146 семейств белков имели по крайней мере одну последовательность, присутствующую во всех 25 проанализированных основных таксономических группах. Таким образом, они формировали почти полную базовую метаболическую сеть.
Для завершенного понимания биохимии LCBA потребовалось еще девять генов: тогда реконструированная совокупность физических процессов, определяющих физиологические и биохимические свойства клетки, включала все основные и универсальные метаболиты. Чтобы быть полностью независимой и самогенерируемой, сети LBCA все равно потребуются дополнительные гены, унаследованные от последнего универсального общего предка — LUCA — и питательные вещества из окружающей среды.
Получив представление о метаболической сети общего предка бактерий, биологи определили, какие из современных бактериальных групп больше других похожи на LBCA. «Анализ показал, что самая ранняя ветвь бактерий, которая расходилась, была наиболее схожа с современными клостридиями, за которыми следовали протобактерии Deltaproteobacteria, актинобактерии и некоторые представители Aquifex (вид палочковидных одноклеточных бактерий длиной от двух до шести микрометров и диаметром около 0,5 микрометра. — Прим. ред.) Обычно эти группы имеют ацетил-КоА путь (метаболический путь, серия биохимических реакций, используемых некоторыми анаэробными хемолитоавтотрофными бактериями и археями-метаногенами для фиксации СO2 и получения энергии. — Прим. ред.)», — рассказал Фернандо Триа, один из авторов исследования.
Как объяснили ученые, восстановительный ацетил-КоА путь — единственный способ фиксации углерода, позволяющий организмам использовать водород как донора электронов, а диоксид углерода — как акцептора и строительной блок для биосинтеза органических молекул. Он свойственен как археям, так и бактериям, а еще открывает путь к общему универсальному предку всего живого.
«Мы можем с уверенностью сказать, что LBCA, был автотрофным, глюконеогенетическим и палочковидным, — добавляет Ксавье. — Если бы он был похож на клористидий, возможно, LBCA смог спорулировать». Такую гипотезу недавно предложили другие исследователи, и она согласуется с новыми результатами: формирование невероятно устойчивых спор и позволило ранним микроорганизмам выжить в суровых условиях молодой Земли.
Telegram 
Дзен 
VK Планетологи обнаружили на поверхностях Титана и Плутона схожую полосу поглощения, которая не совпадает со спектрами известных льдов или органических соединений. Этот загадочный «провал» может указывать на то, что на двух очень разных ледяных мирах Солнечной системы существует общий, пока неизвестный науке класс химических веществ, поглощающий свет, который формируется под действием экстремального холода и космической радиации.
Исследователи из МИЭМ ВШЭ и ИПКОН РАН разработали новую математическую модель мониторинга, которая позволяет фиксировать источник опасных подземных вибраций в реальном времени. Технология поможет снизить риск повреждения зданий, дорог и другой инфраструктуры рядом с карьерами и шахтами.
На севере Австралии живет паук с весьма необычными охотничьими повадками. Он возводит «конструкцию», которая работает как древнее метательное оружие. Добыча взлетает над землей, а потом запутывается в паучьей сети. Такая тактика охоты, по-видимому, применяется лишь по отношению к конкретному виду муравьев.
Паразитические организмы иногда не учитывают, что сами могут оказаться целью паразита более высокого уровня. Сосредотачивая все свои силы на инфицировании и размножении, они остаются беззащитными перед агрессивным специализированным нахлебником.
Интригующие испытания высотного ракетного двигателя Raptor Vacuum для корабля Starship, верхней ступени сверхракеты Илона Маска, парадоксальны. Его работа на уровне моря уже сама по себе загадка. Ведь, по классическим представлениям, высотные двигатели на уровне моря корректно не работают. А сопло RaptorVAC на наземном стенде извергает реактивную струю без всяких признаков нарушения работы. Как такое может быть?
В нижних и верхних слоях Урана астрономы впервые зарегистрировали угарный газ и циановодород. Новые данные указали на то, что недра планеты могут быть значительно обогащены кислородом. Это открытие поможет разрешить давнюю загадку о том, сформировался ли Уран иначе, чем его ближайший сосед Нептун, или их образование шло по схожему сценарию.
Хотя длительность помех не превышала десяти секунд, это первый известный случай такого рода. Обычно спутникам не хватает мощности для создания радиосигналов той силы, что нужна для подобных помех.
В доколумбовых Андах принадлежность к правящему роду определяла доступ к земле, торговле и статусу, поэтому удержать все внутри семьи было вопросом выживания. Ученые выяснили, что элиты долины Чинча решали эту задачу самым прямым способом — заключая браки между родственниками на протяжении как минимум двух поколений.
Вначале Reuters опубликовал статью о взаимоотношениях SpaceX и Пентагона, которую миллиардер --- традиционно для его отношений с этим изданием — назвал фейком. Опровергая ее тезисы, он обнародовал информацию, не представленную ранее публично.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии