Как ИИ изменит нашу жизнь — в специальном проекте Naked Science!
Перейти
  • Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
19.03.2019
Сколтех
16 370

Искусственный интеллект поможет построить карту химического пространства

Исследователи из Сколтеха и Мюнхенского центра имени Гельмгольца создали нейронную сеть для визуализации химического пространства соединений, представляющих интерес для фармацевтики.

©Wikipedia

Ученые из Сколтеха (Центр научных и инженерных вычислительных технологий для задач с большими массивами данных) и Мюнхенского центра имени Гельмгольца по исследованию окружающей среды и здоровья (HMGU, Германия) создали нейронную сеть для визуализации химического пространства соединений, которые представляют интерес для фармацевтики.

Разработанный метод поможет создавать новые химические соединения и ориентироваться в пространстве уже имеющихся. Результаты исследования опубликованы в журнале RSC Advances.

Перед химиками часто возникает задача проанализировать огромные базы данных, содержащие десятки и сотни тысяч химических структур, и отобрать среди них наиболее перспективные.

Для этого химик должен понимать, какие классы соединений есть в базе данных. Однако пролистать многотысячный список молекул — занятие тяжелое и в общем неблагодарное.

Хорошая идея — разместить молекулы в виде точек на плоскости или в пространстве так, чтобы похожие молекулы оказались рядом.

Тогда появляется возможность изучать химическое пространство при помощи простой программы — наподобие того, как географ может изучать ландшафт при помощи электронных карт на разных масштабах: для общего понимания ситуации и детального анализа отдельных участков.

Однако как добиться того, чтобы алгоритм сам распределил молекулы в нужных местах на плоскости, не закладывая в программу знания о химии?

Совместная группа исследователей из центра Сколтеха CDISE (Дмитрий Карлов, Сергей Соснин и Максим Федоров) и Мюнхенского центра имени Гельмгольца (Игорь Тетко. HMGU) использовали методы искусственного интеллекта, которые позволяют извлекать информацию непосредственно из данных.

Ученые «скрестили» популярный метод снижения размерности t-SNE с глубокой нейронной сетью.

Это позволило создать нейронную сеть, которая, получив (многомерную) структуру интересующего соединения на вход, генерирует координаты этого соединения в наглядном двумерном виде на некой плоскости.

При этом молекулы со схожими свойствами оказываются расположены рядом, что позволяет группировать соединения по классам, соответствующим тому или иному свойству.

Авторы исследования обучили нейросеть на миллионах соединений с известной биологической активностью.

«Мы адаптировали метод t-SNE для визуализации химического пространства фармацевтически интересных соединений, натренировав глубокую нейросеть и выбрав удобные дескрипторы, а также метрику для расчета расстояний в многомерном пространстве.

Мы также показали, что этот подход позволяет сохранить больше информации по сравнению с некоторыми другими методами снижения размерности, а скорость работы сравнима со скоростью работы метода главных компонент», — рассказывает научный сотрудник Сколтеха и первый автор исследования Дмитрий Карлов.

Ученые планируют в дальнейшем создать ряд программ для химиков и фармацевтов, которые позволят исследователям посмотреть, как распределены новые, неизученные соединения относительно уже изученных и описанных в литературе. Это поможет быстрее выполнять R&D-фазу исследований при поиске новых лекарств.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Позавчера, 14:24
Василий Парфенов

Что такое накопитель энергии? Чем отличается аккумулятор от батареи? В чем настоящее чудо электричества? Вся эволюция человечества тесно связана с нашим умением добывать энергию в разных формах. Но настоящая революция произошла, когда появились технологии преобразования тепла, давления и работы в электричество. Благодаря этому мы научились транспортировать энергию и запасать ее. Дальнейший рост эффективности энергосистем невозможен без накопителей. Naked Science решил разобраться во всех деталях.

11 часов назад
Сергей Васильев

Биологи внесли в ДНК червей гены, кодирующие светочувствительные белки. Это позволило управлять ими при помощи света, заставляя двигаться на зеленый сигнал и останавливаться на красный.

8 часов назад
Ольга Иванова

Загадочная русская душа — не фигура речи, а объективная реальность. Как жили славянские крестьяне зимой, почему в нашей стране такие плохие дороги, из-за чего мы любим «супчики», а европейцы — гамбургеры и фастфуд, откуда взялся стереотип о пьющих русских и почему мы стали употреблять меньше водки, почему мы сначала включаем прибор, а потом читаем инструкцию, отчего наши студенты учат все в последнюю ночь перед экзаменом, зачем нам нет дела до розовых кустов, чем мы отличаемся от китайцев и что нас роднит с японцами. Об этом корреспонденту Naked Science рассказал профессор, доктор исторических наук и старший преподаватель СПбГУ Кирилл Назаренко.

26 ноября
Александра Медведева

Окаменелость крошечного морского червя, жившего 525 миллионов лет назад, разрешила вековой спор об эволюции мозга членистоногих. Исследование показало, что мозг первых членистоногих не был сегментирован, а нервная система головы и туловища эволюционировала независимо.

26 ноября
Мария Азарова

Международный коллектив ученых спрогнозировал наши ежедневные потребности в воде в зависимости от антропометрических, экономических и экологических факторов.

24 ноября
Редакция

Режиссер Илай Сасик (Eli Sasich), вдохновившись классическими научно-фантастическими фильмами «Чужой» и «Бегущий по лезвию», несколько лет назад снял короткометражный фильм «Атропа», который стоит посмотреть, если вы интересуетесь наукой и космическими технологиями.

1 ноября
Анна Новиковская

Когда мы представляем взаимодействие неандертальцев с нашими предками, первобытными людьми, то обычно думаем об агрессивных стычках и конкуренции на охоте. Однако теперь ученые выяснили, что два вида людей взаимодействовали на протяжении как минимум 200 тысяч лет — это слишком долгий срок для активных военных действий, но достаточный для постепенного «растворения» одного вида в другом.

19 ноября
Анна Новиковская

В последний раз черношейного фазанового голубя видели еще в 1882 году, и с тех пор ученые не знали, живет ли еще в лесах острова Фергуссон эта красивая птица. Теперь, наконец, им повезло: одна из камер запечатлела представителя редчайшего подвида фазановых голубей.

24 ноября
Редакция

Режиссер Илай Сасик (Eli Sasich), вдохновившись классическими научно-фантастическими фильмами «Чужой» и «Бегущий по лезвию», несколько лет назад снял короткометражный фильм «Атропа», который стоит посмотреть, если вы интересуетесь наукой и космическими технологиями.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: