Впервые расшифрована структура «перевернутого» белка родопсина и показаны ключевые отличия от других известных родопсинов

Работа опубликована в высокоцитируемом научном журнале PNAS. 
Оптогенетика, появившаяся в 2005 году, основана на внедрении в мембрану нейронов специальных белков – опсинов, реагирующих на возбуждение светом. Исследования в этой области открывают новые возможности в терапии болезни Паркинсона, депрессии, тревожности и эпилепсии.

Родопсины относятся к обширной группе опсинов. Эти белки содержат специальную группу — ретиналь, при поглощении фотона которой белок активируется. До начала XXI века были изучены только родопсины архей, найденные в геномах галобактерий. Однако к сегодняшнему дню с помощью геномных и метагеномных исследований найдено более 10 тысяч генов родопсинов. Родопсины присутствуют во всех трех доменах жизни (бактерии, археи, эукариоты) и в гигантских вирусах и вносят основной вклад в захват солнечной энергии в океане.

Огромное разнообразие белков, их биологическая важность и многочисленные биотехнологические приложения создают необходимость изучения их структуры. Понимание структуры белка помогает определять механизмы действия и даже функции. Большой вклад в развитие этой области традиционно вносят сотрудники Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ. В прошлом году сотрудниками центра были расшифрованы структуры белка KR2 и родопсина из гигантского вируса.

Несмотря на различия свойств и структур родопсинов, их ориентация в мембране обычно одинакова. Белки имеют два конца, называемые N- и C-, по наличию амино- и карбоксильной группы соответственно. Все известные родопсины ориентированы в мембране таким образом, чтобы N-концевой фрагмент оказывался снаружи клетки. Однако у недавно открытого семейства гелиородопсинов все перевернуто с ног на голову: N-конец располагается внутри клетки. Сотрудниками лаборатории впервые расшифрована структура представителя этого семейства, белка 48C12, показаны ключевые отличия от известных родопсинов и сделано предположение о функции гелиородопсинов.

Кирилл Ковалёв, один из первых авторов работы, аспирант МФТИ, говорит: «Гелиородопсины — необычные белки. Полученные нами структуры высокого разрешения продемонстрировали как их уникальную глобальную архитектуру, так и детали внутреннего устройства и взаимодействий между ключевыми аминокислотными остатками».

В своей работе ученые смогли проанализировать структуру белка 48C12 в двух состояниях и сравнить ее со структурами других микробных родопсинов. Так, было показано, что внутри белка, в его цитоплазматической части, находится большая полость, заполненная большим количеством молекул воды. В одном из полученных состояний белка в полости была обнаружена молекула ацетата. Таким образом, полость может играть роль «активного центра» белка, в котором происходит связывание субстрата, такого как нитрат или карбонат. Несмотря на это предположение авторов, функция и биологическая роль гелиородопсинов остается неизвестной.

Валентин Горделий, научный координатор Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ, поясняет: «Столь необычная структура белка и его свойства позволяют нам предположить энзиматическую функцию гелиородопсинов. Кроме того, наша работа показала, что среди этого семейства могут быть выделены группы белков с различными функциями».

Таким образом, ученые расшифровали структуру гелиородопсина 48С12 и показали принципиальное отличие от других микробных родопсинов. Результаты работы открывают новые возможности для дальнейшего изучения гелиородопсинов. 

ФизТех

426 статей

Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.

Показать больше