• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
17.12.2018, 14:38
Редакция Naked Science
550

Ученые разработали эффективную стратегию секвенирования тРНК для изучения активности микробиома

Разработка четкой картины динамики тРНК позволит понять активность естественных микробиомов и изучить их реакцию на внешние факторы окружающей среды, такие как изменение температуры или доступность питательных веществ.

maxresdefault
©Wikipedia / Автор: Sycophanta Duccius

Исследователи из Чикагского университета разработали стратегию высокоэффективного секвенирования РНК для изучения активности кишечного микробиома. В новом исследовании, опубликованном в журнале Nature Communications, группа ученых во главе с профессором биохимии и молекулярной биологии Тао Паном (Tao Pan) из Чикагского университета продемонстрировала применение секвенирования  транспортных РНК (тРНК) к образцам кишечного микробиома у мышей, которые соблюдали диету с низким или высоким содержанием жира. Новые инструменты анализируют тРНК, которые переводят генетическую информацию, закодированную в ДНК, в белки, выполняющие основные биологические функции.

 

С помощью инновационного оборудования и вычислительной стратегии, которая описана в исследовании, ученым удалось создать каталог молекул тРНК, извлеченных из образцов кишечника, и проследить их путь к бактериям, ответственным за их экспрессию, а также измерить химические модификации тРНК после транскрипции.

 

Каждая тРНК в бактериях имеет в среднем восемь химических модификаций, которые по-разному влияют на ее функционирование. Новая высокоэффективная стратегия секвенирования и анализа позволяет обнаружить два из них и измерить количество изменений по шкале от нуля до 100 процентов на каждом участке. Уровень одной модификации, названной m1A, был выше в кишечном микробиоме мышей, рацион которых включал высокое содержание жиров. Это первый случай, когда исследователям удалось наблюдать изменение уровня модификации тРНК в каком-либо микробиоме.

 

Модификация m1A помогает синтезировать определенные типы белков, которые могут быть распространены в рационе с высоким содержанием жиров, однако исследователи пока не знают, связано ли возникновение различий в модификации с подобной диетой.

 

«Существует несколько способов изучить активность микробиома, но нет ничего быстрее и эффективнее, чем секвенирование. Результатом нашего исследования стала разработка нового метода, который сообщает об активности микробиома через тРНК, обеспечивая высокую пропускную способность, что действительно ценно», — подытоживают ученые.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
19 августа, 15:54
Елена Авдеева

К любопытным выводам привели наблюдения японских ученых за пестролицыми буревестниками. Оказалось, эти птицы испражняются в основном на лету, намеренно избегая такой возможности на поверхности воды. Очевидно, предположили исследователи, это облегчает движения в воздухе взрослым особям с добычей во рту.

19 августа, 21:25
Evgenia Vavilova

Исследователям квантовых компьютеров обычно приходится выбирать: сделать стабильный кубит или быстрый. Международная группа ученых нашла способ создать кубиты, избавленные от этой необходимости.

19 августа, 12:09
Елена Авдеева

Биотехнологи из Ноттингемского университета (Великобритания) воспроизвели процесс естественной ферментации какао-бобов в лаборатории, чтобы проверить, можно ли улучшить вкус готового продукта «вручную». Оказалось, что правильно подобранная колония микроорганизмов может внести свои нотки и определить качество будущего шоколада.

16 августа, 19:09
Адель Романова

Астрономы подсчитали, что с поверхности летящего по Солнечной системе межзвездного объекта 3I/ATLAS каждую секунду испаряется около 40 килограммов водяного льда. Такую сильную кометную активность он проявил, будучи в три с половиной раза дальше Земли от Солнца. По мнению ученых, это довольно необычно.

18 августа, 11:11
Денис Яковлев

За последнее десятилетие ученые создали несколько сложных систем «мозг — компьютер», которые позволяли преобразовывать мозговую активность людей, лишившихся способности говорить из-за различных заболеваний, в речь. Однако до сих пор удавалось расшифровать лишь небольшое количество слов. Теперь в США создали алгоритм, благодаря которому удалось распознать до 54 процентов «речи».

15 августа, 08:25
Любовь С.

Изображение блазара PKS 1424+240, полученное с помощью радиоинтерферометра VLBA, напомнило астрономам легендарное «Око Саурона» из «Властелина колец» — джет, пронизывающий кольцеобразное магнитное поле объекта, устремлен к нашей планете, а сам блазар может оказаться одним из наиболее ярких источников нейтрино в космосе.

25 июля, 07:47
Адель Романова

Прибывшая из межзвездного пространства предполагаемая комета 3I/ATLAS движется по траектории, максимально удобной для гравитационных маневров управляемого корабля, при этом возможность ее отслеживания с Земли практически минимальна. По мнению некоторых ученых, такое «поведение» объекта наводит на определенные мысли.

6 августа, 20:59
Татьяна Пичугина

Примерно 12 800 лет назад в Северном полушарии началось резкое изменение климата, которое сопровождалось вымиранием мегафауны и угасанием культуры Кловис. Такое могло произойти, например, из-за прорыва пресных вод в Атлантику или мощного вулканического извержения. Несколько лет назад ученые обнаружили места на суше с повышенным содержанием элементов платиновой группы, прослоями угля, микрочастицами расплава. По их мнению, это может быть признаком пребывания Земли в потоке обломков кометы или астероида. В новой работе впервые представлены доказательства кометного события в позднем дриасе из морских осадочных толщ.

22 июля, 14:44
ФизТех

Команда исследователей из Сколтеха, МФТИ, Института искусственного интеллекта AIRI и других научных центров разработала метод, позволяющий не просто отличать тексты, написанные человеком, от сгенерированных нейросетью, но и понимать, по каким именно признакам классификатор принимает решение о том, является ли текст генерацией или нет.  Анализируя внутренние состояния глубоких слоев языковой модели, ученые смогли выделить и интерпретировать численные признаки, отвечающие за стилистику, сложность и «степень уверенности» текста.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно