• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
29.07.2016
sergey oglodkov
102

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Около половины исследований в области транскриптомов содержат некорректные мета-данные о половой принадлежности образцов, показатель каждого пятого является неоднозначным. К такому выводу пришли ученые из Университета Британской Колумбии.

160112_em_geneediting
/ Автор: Андрей Чернов

Транскриптом — совокупность всех молекул РНК (мРНК, некодирующих РНК), которые синтезируются клеткой или группой клеток. Понятие транскриптома — «онтогенетический» аналог понятия генома: в отличие от последнего транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Одним из атрибутов исследований, связанных с транскриптомом, равно как и с геномом, является уточнение половой принадлежности изучаемого клеточного материала.

 

Авторы проверили 70 чужих научных работ — всего 4160 образцов, — аннотации к которым содержали такое указание. Для анализа ученые разработали метод классификации образцов на основе специфических половых генов: XIST, RPS4Y1 и KDM5D, характерных для развития плода по женскому (XIST) и мужскому (KDM5D, RPS4Y1) типу. В отдельную группу были выделены пробы, половая принадлежность которых не может быть установлена достоверно по техническим или естественным причинам.

 

Результаты показали, что в 32 из 70  (46%) работ мета-данные в аннотации противоречат реальной половой принадлежности биоматериала. В половине случаев такие ошибки встречались в генетических исследованиях в области онкологии. При этом доля образцов с неустановленной принадлежностью пола в таких работах оказалась значительно выше — 2,6 против 0,3%. Неоднозначные образцы были обнаружены в 15 из 70 (21%) исследований.

 

По словам авторов, неверная маркировка проб является серьезной проблемой, особенно при культивировании клеток. Под сомнение, однако, ставится и точность тестов на основе специфических половых генов. Так, многие «мужские» линии клеток утрачивают Y-хромосомы в период культивирования. Кроме того, в 2015 году были опубликованы результаты аналогичной проверки: тогда тесты показали, что сотни образцов, заявленных как «мужские», генетически являются «женскими», тогда как десять «женских» — «мужскими».

 

Тем не менее, ученые нередко пренебрегают базовой проверкой изучаемых клеток, отмечает доктор Аманда Кэйпс-Дэвис.

 

«Я надеюсь, люди просто будут внимательнее к тому, что анализируют», — заявила она.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Позавчера, 14:07
Юлия Трепалина

Канадские исследователи на крупной выборке людей показали, что взросление в семье с несколькими детьми может способствовать развитию таких качеств, как честность и стремление к сотрудничеству.

Позавчера, 12:14
Елизавета Александрова

Астрономы обнаружили, что всего в 42 световых годах от нас, вокруг оранжевой карликовой звезды, обращаются планеты, похожие друг на друга почти как братья-близнецы. Все они в диаметре — вылитая Земля, но в несколько раз тяжелее. Почему?

11 часов назад
Полина Меньшова

Согласно популярному утверждению, человеческая мысль — едва ли не самое быстрое, что существует в природе. Даже свет многие считают менее быстрым, поскольку он распространяется со скоростью 300 тысяч километров в секунду, а мысль — «мгновенно». Однако новое исследование опровергло бытовую логику. Ученые из Калтеха измерили скорость, с которой человек обрабатывает информацию, и обнаружили, что основные когнитивные процессы во много раз медленнее не только распространения света, но и низкоскоростного интернета.

23 декабря
Елизавета Александрова

До сих пор многие ученые считали, что у лунной воды два источника происхождения: немалая доля доставлена с упавшими кометами, но большая часть образовалась на самой Луне под действием частиц солнечного ветра. По итогам недавнего исследования планетологи вынуждены перечеркнуть эту картину. Они заявили, что кометная вода на естественном спутнике Земли действительно есть, но радиация вряд ли сыграла значительную роль. Вместо этого, похоже, главная часть лунной воды происходит из того же материала, из которого сформировалась наша планета.

22 декабря
Андрей

Американские специалисты изучили больше двух тысяч ископаемых раковин моллюсков неогенового периода и обнаружили среди них уникальные свидетельства неудачной охоты. Две раковины зияли отверстиями, которые хищные улитки просверлили изнутри, то есть их добыча была уже мертвой. Это первые подобные наблюдения, и причин у древних ошибок могло быть несколько: палеонтологи не исключают, что брюхоногие «напали» на пустые раковины с голоду.

23 декабря
Андрей

Группа антропологов проанализировала более 800 часов видеозаписей, собранных в течение 25 лет наблюдений за небольшой группой шимпанзе в Гвинее. Ученые решили выяснить, различаются ли подходы к добыче пищи у приматов одного сообщества. Оценив их действия по ряду критериев, исследовали обнаружили множество индивидуальных различий в колке орехов: некоторые шимпанзе справлялись значительно быстрее сородичей. Вдобавок выяснилось, что эти обезьяны оттачивают навыки вдвое дольше, чем считалось.

28 ноября
Елизавета Александрова

Обсерватории постоянно улавливают «мигающие» радиосигналы из глубин Вселенной. Чаще всего их источниками оказываются нейтронные звезды, которые за это и назвали пульсарами. Но к недавно обнаруженному источнику GLEAM-X J0704-37 они, по мнению астрономов, отношения не имеют.

3 декабря
Елизавета Александрова

Американская лунная программа «Артемида» предусматривает экспедиции длительностью от нескольких дней до долгих недель и даже месяцев, но луномобиля для передвижения экипажа по поверхности спутника Земли на сегодня нет. Поэтому космическое агентство США продумывает план действий на случай, если астронавты окажутся далеко от базы и кто-то из них внезапно не сможет идти самостоятельно.

13 декабря
Юлия Трепалина

С какого возраста зооврачи считают собак престарелыми? Это недавно выяснили исследователи из Великобритании и Венгрии, проанализировав карты пациентов ветеринарных клиник. Также ученые установили, от каких проблем со здоровьем чаще страдают пожилые питомцы.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно