Открытый доступ к визуализированным данным поможет исследователям со всего мира ускорить работу над лечением и вакцинацией против смертельного патогена.
Модель белковых оболочек вируса /© NCBI
Команда из Научно-исследовательского института геномики Калифорнийского университета опубликовала полный биомолекулярный код 2019-nCoV. Посмотреть на главный вирус последних лет можно по ссылке.
Данные выложены в рамках проекта, изначально инициированного в 2000 году в рамках глобального международного проекта «Геном человека» — крупнейшего межнационального научно-исследовательского плана. На сегодня в открытом доступе находятся геномы и сборки не только человека, но и многих других организмов, которые доступны для просмотра и работы в графическом интерфейсе Genome Browser, имеющем большой набор инструментов для просмотра, анализа и загрузки данных.
«Когда мы показываем коронавирус в UCSC Genome Browser, это позволяет исследователям посмотреть на структуру вируса и, что более важно, работать с ней, чтобы исследовать, как можно его атаковать», — поясняет инженер UCSC Genome Browser Хирам Клоусон.
Образцы вируса обрабатываются исследовательскими лабораториями по всему миру, а исходные данные о его генетическом коде были отправлены во всемирное хранилище геномной информации в Национальном центре биоинформатики Национального института здравоохранения (NCBI) в Бетесде, штат Мэриленд.
Для визуализации институт использовал последовательность, полученную из NCBI: 29 903 нуклеотида (пар оснований, составляющих молекулы ДНК и РНК). 2019-nCoV имеет относительно простую структуру из одноцепочечной РНК.
NCBI присылает эти данные в виде буквенной последовательности. Информация обрабатывается и помещается в базу данных, откуда Genome Browser получает доступ к материалу и отображает в более удобном формате: исследователи могут увеличивать и уменьшать масштаб генома, есть даже интерфейс для моделирования CRISPR-редактуры генома.
Структура этого вируса состоит по меньшей мере из трех типов вирусных белков: S-протеинов, или «белковых шипов», мембранного белка и белка оболочки. Ученые отмечают, что 2019-nCoV кодируется десятью генами, и наиболее перспективными для работы по обезвреживанию называют S-протеины, которые нужны вирусу, чтобы «ухватиться» за атакуемую им клетку человеческого организма и проникнуть в нее.
NCBI — своего рода всемирное хранилище данных. Когда ученые обнаруживают новые вирусы, их отправляют в NCBI, где им присваивают название и номер (именно так 2019-nCoV получил свои). Как только организация обрабатывает новые данные, они поступают в общий доступ. При необходимости любой исследователь может обратиться к точному образцу необходимого для его работы микроорганизма. Genome Browser отображает вирус, используя именно эти данные.
По состоянию на утро 10 февраля от коронавируса 2019-nCoV уже умерли 910 человек, заражено 40 573, из них около 6,5 тысячи в тяжелом состоянии. Сегодня был зафиксирован самый высокий показатель суточной смертности — 97 человек. Общее число выздоровевших на сегодня — 3497 человека. За полтора месяца коронавирус унес больше жизней, чем эпидемия атипичной пневмонии 2002-2003 годов (тогда погибли 774 человека), однако уровень смертности среди заболевших у него существенно ниже: приблизительно 2,2% против 9,56%.
Комментарии
910/(910+3497)=21% смертности. Как медицинские математики получают 3%? Из потока заразившихся людей умирает каждый четвёртый-пятый!
Подставляют в формулу правильные цифры. Не знаю откуда вы взяли 3497. На сегодняшний день общее число зараженных 40652, умерших 910, выздоровевших 3575 то есть: 910/(910+40652+3575)/100)=2,01% Берите общее число заболевших, а не только выздоровевших и все у вас получится.
Так ли это страшно уже сравнивали. Но специально для вас. Летальность знаменитой "испанки" была значительно больше 10-20% от нее умерло 50-100 млн, а заражено было 550.
Летальность знаменитой "испанки" посчитали после её завершения, а мы находимся в самом начале гиперболы созданной коронавирусом, которая зависит от "прозрачности" поступающих данных стран, которые чаще всего её скрывают.
Не думаю, что кто-то всерьёз сравнивает китайский коронавирус с печально известной "испанкой", но он ещё только разворачивается, что неминуемо приведёт у изменению процента смертности от его осложнений в силу невозможности давать своевременную квалифицированную помощь, особенно в развивающихся странах.
Забавно что пандемия сейчас "свирепствует" именно в развитых странах. Что означает скорее то что для распространения вируса куда важнее мобильность населения и строгость карантинных мер чем качество медицинских услуг.
Иран имеет ввиду? :)
Но на самом деле, на то они и "развитые", что способны признать проблему и открыто противостоять ей, информируя ВОЗ о реальном положении дел.
Очевидно, что в многомилионной России, имеющей границы с Китаем и воздушное соединение со всеми странами мира, не может быть всего 2 сотни заражённых, но спорить не буду, скоро всё будет ясно.
Здоровья всем!
"Очевидно, что в многомилионной России, имеющей границы с Китаем и воздушное соединение со всеми странами мира, не может быть всего 2 сотни заражённых"
Вы не правы, и вот почему: https://naked-science.ru/article/medicine/koronavirus-v-rossii-pravda-li-chto-vlasti-skryvayut-chislo-zabolevshih-i-realno-li-eto Там и про границы длинные, и про то, почему они ничего не значат - тоже есть.
Иван, я не собираюсь ни с кем спорить, у каждого свои источники информации и своя голова. Время покажет, согласны? :)
Всем не хворать!
Во первых этот вирус не имеет отношения к Китаю, кроме того, что его там обнаружили и весьма успешно его там контролируют.
А во вторых, так получилось, что у людей китайского и других происхождений, берущих родителей в Азии, прижилась специфическая мутация вируса.
И здесь, в свою очередь, интересный момент, проливающий свет и на историю вируса, и на то, почему в России вирус не начал свирепствовать, одновременно с Китаем, не смотря на большое количество зараженных из Китая прибывавших в Россию.
Мутация корона вируса, которую "поймали" в Китае, специфична, во первых это не прародитель вируса, но уже подтвержденный виток наследуемого, то есть ребенка основного родителя.
Что полностью освобождает Китай от ответственности, как некоего зачинателя вируса. Родитель, от которого появился этот вирус идентифицировали, и место его рождения тоже, это Соединенные Штаты Америки.
Кроме того, со временем стало понятно, что китайская мутация этого вируса, оставив в стороне, как она появилась, не заразна для людей европейского происхождения, и в частности людей русского происхождения.
Мы болеем европейским вариантом корона вируса.
Иран пренебрег простейшими карантинными мерами и попал вместе с "высокоразвитыми" Прочитайте статью ниже.