Почему замкнутые человеческие сообщества (например, амазонские племена) не страдают от близкородственного скрещивания?

Потому что такие племена только при взгляде издалека кажутся «замкнутыми», на самом же деле даже в них идет постоянное перемешивание генов.

С первобытных времен генетическое разнообразие человеческих популяций во многом (хотя и не во всём) находится под влиянием чисто культурного фактора — традиций заключения брака. Основных традиций две: экзогамия (то есть заключение брака с «далекими», непохожими на тебя людьми) и эндогамия (заключение брака с «близкими», похожими людьми). Они не взаимоисключающи, а наоборот — являются сторонами одной медали, одно и то же общество в одном контексте считается эндогамным, в другом — экзогамным.

Традиционные общества часто не жалуют чужаков — и о вступлении в брак с ними речь тем более не идет; все родственные связи в этом случае ограничиваются родным племенем. В этом смысле такие племена являются эндогамными, «замкнутыми». Постепенно, с ростом численности народа, укреплением его связей с другими народами эндогамия постепенно сходит на нет, а потому крупные культурные общности — нации — уже в большинстве своем утратили эту древнюю черту.

Однако крайне редко племя бывает настолько малочисленным, что состоит всего из одной большой семьи. Обычно оно объединяет несколько родов, живущих относительно изолированно (в разных деревнях, стойбищах и т.п.). И в этом контексте на первый план выходит традиция экзогамии — стремление заключать брачные союзы с членами не своего рода, а других родов, всячески избегая близкородственных браков.

Что-то похожее на экзогамию мы можем наблюдать и у многих животных. Так, зачастую братья и сёстры из одного помета расселяются по-разному — самцы «наследуют» окрестности родительской территории, а самки стремятся уйти как можно дальше (но бывает и наоборот: самки — «домоседки», а самцы расселяются; это видоспецифичная черта). Это один из способов избегания близкородственных скрещиваний у животных, выработанный эволюционно.

Однако неверно было бы утверждать, что человеческая экзогамия наследует «животной». Несмотря на внешнюю схожесть явлений, у человека это целиком культурное, а не биологическое явление (это видно уже хотя бы из того, что в разных обществах и даже на разных стадиях развития одного и того же общества «выселяются» то мужчины, то женщины, нет четкого биологического предопределения — зато есть культурные установки). Экзогамия у человека — это в первую очередь «политический» инструмент, призванный объединять разные рода в рамках одного племени (а позднее — племена в рамках племенного союза, союзы — в народы, народы — в нации). Когда множество людей оказываются родственниками  друг другу (не кровными, но все же), искать поводы к вражде становится гораздо сложнее — и сейчас на материале некоторых африканских племен мы видим, как женщины, вышедшие замуж в другое племя, при конфликтах выступают как переговорщики; на самой заре истории Рима сабинские женщины, вышедшие (не совсем по своей воле) замуж за римлян, положили конец вражде римлян и сабинов; с появлением монархических государств эта традиция переродилась в династические браки.

Первобытные люди (и современные «примитивные» племена) ничего не знали о генетике. Апелляции к «наблюдательности» тут не проходят — до сих пор существуют племена, не связывающие рождение детей с половым контактом, что уж говорить про более тонкие наблюдения! Однако как же удобно совпало, что традиция, призванная укреплять «социальный клей» их обществ, также оказалась эффективным методом борьбы с вырождением от инбридинга (так ученые называют скрещивание близкородственных форм в пределах одной популяции).