Ученые уже достаточно давно установили, что все люди неафриканского происхождения содержат 1-2 процента генов неандертальцев, а азиатская часть населения планеты — еще и гены денисовцев. С первыми представители нашего вида смешались после выхода из Африки, а со вторыми — при миграции в Азию. В обоих случаях скрещивание выявили за счет сравнения геномов древних денисовцев и неандертальцев с геномами современных людей.
Однако для большинства наших древних видов-родственников такой сценарий невозможен. Полного генома Homo erectus у генетиков все еще нет. И дело тут не только в древности этого вида (ДНК распадается со временем), но и в жарком климате, где жило большинство эректусов. Чем выше температуры, тем быстрее происходит распад ДНК.
Поэтому авторы новой работы, которую опубликовали в Science, прибегли к другому способу. Они взяли 503 генома современных людей и начали искать в них участки, выделяющиеся среди остальных. Такие поиски позволили обнаружить уже выявленные ранее другими способами примеси неандертальцев и денисовцев, а также других двух линий.
Первая из них есть у всех людей, а это означает, что она была получена до выхода нашего вида из Африки 70 тысяч лет назад. В противном случае найти ее и в африканских, и во внеафриканских ветвях человечества не получилось бы. Не вполне ясно, когда произошло это смешение: если оно было единичным событием, то случилось около 300 тысяч лет назад. Но если эпизодов гибридизации с этим видом было больше одного, дата могла быть и иной. Доля генов этого неизвестного вида архаичных людей примерно та же, что доля генов неандертальцев для людей не из Африки.
От остального человечества они отделились около 0,8 миллиона лет тому назад. В то же время эти гены не выглядят как неандертальские, поэтому сомнительно, что они могли принадлежать так называемому человеку гейдельбергскому (по сути — ранним неандертальцам). Авторы не делают вывод о том, кто это может быть, но хронологически это мог бы быть Homo antecessor или какой-то иной вид.
Вторая линия архаичных людей обнаружилась только у коренных жителей Океании, причем в весьма малых количествах, сотых долях процента от генома в целом. Судя по генетическим признакам, она попала к ним за счет скрещивания с денисовцами, у которых была примесь некого другого вида. Этот другой вид отделился от последнего общего с нашим видом предка где-то 1,8 миллиона лет назад. В теории это может быть Homo erectus. Археологи ранее находили их останки в Азии, в том числе на Яве. Теоретически денисовцы могли смешаться с изолированными популяциями эректусов в этом регионе, а затем — и гибридизироваться с людьми современного вида.
В то же время до получения полных геномов других древних видов людей достоверно установить, кто конкретно дал современным людям обе эти линии, нельзя. Ясно одно: гены их оказались востребованными, особенно в смысле иммунитета и метаболизма (они кодируют в основном белки, связанные с этими сферами). В противном случае они уже были бы в основном вытеснены из нашей ДНК в результате естественного отбора.